Nacido hacia 1660 en el virreinato de Nueva España, Juan Enríquez Barroto estudió matemáticas y astronomía con el sabio español Carlos de Sigüenza y Góngora, una de las figuras descollantes de Nueva España, y se convirtió en un erudito de la ciencia náutica y la principal autoridad en la navegación del Golfo de México a finales del siglo XVII; experto, además, en observaciones solares y cartografía costera. Sus mapas y diarios a resultas de las navegaciones han sido origen de muchos nombres en la toponimia costera, a la par que su exploración de bahías y desembocaduras de ríos del territorio de Texas posibilitó un detallado registro geográfico.
Desde enero de 1686, y en calidad de piloto jefe o comandante de una fragata de la Armada de Barlovento basada en Veracruz, participó en la búsqueda de la colonia enemiga dirigida por el francés Robert Cavelier de La Salle, cuyo propósito era adueñarse de la cuenca del río Misisipi (Mississippi) y el territorio de Luisiana. Esta primera descubierta con origen en la Habana reconoció las bahías de Pensacola (Penzacola), que descubrió Juan Enríquez, y Mobile en La Florida occidental hasta situarse en el Paso Norte del río Misisipi. Pero debido al gran calado del barco fue imposible continuar el reconocimiento. Por eso sugirió Enríquez la construcción de dos embarcaciones de poco calado y aptas para navegar a remo y a vela. Una vez construidas navegó como piloto jefe en el viaje de los capitanes Martín de Rivas y Pedro de Iriarte. En su diario de viaje, que comenzó en Veracruz el día de Navidad de 1686, circunnavegando el Golfo de Méjico Juan Enríquez informa del hallazgo de los restos de las naves de La Salle en la bahía de Matagorda, la primera exploración conocida de la Bahía de Galveston, los pasos de Sabine y Calcasieu, el río Atchafalaya, los pasos del Mississippi y los encuentros con grupos de nativos coahuiltecos, karankawanos y atakapanos. También registró las latitudes a partir de la observación de las estrellas y las longitudes a partir de los cálculos, corrigiendo las cartas anteriores.
Los topónimos dados por Enríquez fueron copiados en los mapas de distinguidos cartógrafos europeos. Los correspondientes a Texas incluyen el Río de San Joseph (Aransas Pass), el Río de Flores (Cedar Bayou), la Bahía de San Bernardo (Matagorda Bay) y sus cabeceras, la Punta de San Francisco y la Punta de Culebras, el Río Bajo (Galveston Bay) y el Río Dulce (Sabine river).
En 1688 Juan Enríquez navegó en calidad de piloto con el capitán Andrés de Pez y Malzárraga para explorar los estrechos de Chandeleur y Breton, investigando un posible asentamiento francés en aquella costa. Este mismo año, los mapas por él realizados sirvieron para guiar una navegación para explorar el río Soto la Marina y la desembocadura del Río Grande.
Como capitán de la Armada de Barlovento, en 1691 transportó efectivos militares y suministros a la Bahía de Matagorda para apoyar la expedición del Gobernador Domingo Terán de los Ríos, que remontando el Misisipi pretendía establecer relación con las tribus caddoanas y a las misiones ya establecidas en Texas.
Se debe a Juan Enríquez Barroto la información para el Memorial de Andrés de Pez, describiendo la bahía de Pensacola y sus posibilidades para futuros asentamientos. Andrés de Pez fue de 1717 a 1723, alternativamente, gobernador del Consejo de Indias, Secretario de Estado y del Despacho de Marina.