En la expedición a la Especiería de 1525, las islas Molucas, figuraba García Jofre de Loaísa como capitán general y próximo gobernador del Maluco (las islas Molucas). Integraban la pequeña flota las naos Santa María de la Victoria (capitana), Sancti Spiritus, Anunciada, capitán Pedro de Vera, y San Gabriel, capitán Rodrigo de Acuña, y las carabelas Santa María del Parral, capitán Jorge Manrique, y San Lesmes, capitán Francisco de Hoces, y el patache Santiago. Para la sucesión en el cargo de capitán general de la armada que habría de volver a España se designaba en primer lugar a Juan Sebastián Elcano. El 24 de julio de 1525 zarpó la armada del puerto de La Coruña.
El 12 de octubre cortaron el ecuador y el 20 fondearon en la isla de San Mateo, actual Annobón, en la Guinea ecuatorial. El 4 de diciembre avistaron la costa brasileña, y el 28 un temporal dispersó los barcos. Fueron situando cruces de aviso para indicar la trayectoria mientras embocaban por error, creyéndolo el estrecho de la Madre de Dios, o de Magallanes, la desembocadura del río Gallegos, que bautizaron San Ildefonso o San Alifonso. Dada la poca profundidad del agua embarrancaron la Anunciada, San Gabriel, Nuestra Señora del Parral y San Lesmes. Por fin el día 14 arribaron a las inmediaciones del estrecho fondeando al abrigo del cabo de las Vírgenes. La nao Sancti Spiritus quedó imposibilitada para la navegación.
Otro devastador temporal dejó solo tres barcos para la travesía del estrecho: Anunciada, Santa María del Parral y San Lesmes. Acuciada por un nuevo temporal y con serio peligro de quedar destrozada en el estrecho, la carabela San Lesmes buscó hacia el sur la salida al océano Atlántico, hasta cincuenta y cinco grados de latitud, creyendo el capitán Francisco de Hoces y su tripulación que habían llegado al final de la tierra, es decir, al extremo meridional del continente americano ya fuere el cabo San Diego, la isla de los Estados o el cabo de Hornos.
El 9 de febrero la nao Anunciada pone rumbo al Maluco por la vía del océano Índico, desatendiendo las instrucciones, y en malas condiciones de navegación.
Por su parte, las naos perdidas Santa María de la Victoria y San Gabriel se reunieron con las carabelas Nuestra Señora del Parral y San Lesmes y el patache Santiago para en conjunto salir el 11 de febrero al océano Atlántico arribando al cabo de dos días al río de Santa Cruz. En este punto, por motivos de grave defección del capitán y los tripulantes de la San Gabriel, que volvió a España, la armada quedó reducida a la capitana, Santa María de la Victoria,en mal estado, las carabelas Nuestra Señora del Parral y San Lesmes y el patache Santiago. El 29 de marzo de 1526 partió la flora hacia el inclemente estrecho, el 5 de abril doblaron el cabo de las Vírgenes y tres días más tarde embocaron el paso descubierto por Magallanes. Cuarenta y ocho jornadas después, el 26 de mayo, culminó la navegación por el estrecho.
Si dura había resultado la travesía hasta entonces, la ruta del Pacífico supondría una calamidad. Ese 26 de mayo desembocaban las naves en el Mar del Sur con proa al noroeste para sacudirse los terribles fríos alcanzando cuanto antes la línea ecuatorial. Pero el primero de junio de 1526 una fuerte borrasca dispersó para siempre a la armada; únicamente la nao capitana Santa María de la Victoria llegará a las Molucas. La carabela Santa María del Parral cruzó en solitario el océano para tocar en la isla filipina de Mindanao y el patache Santiago arribó a la costa occidental de Nueva España; de la carabela San Lesmes nunca más se supo.
Valga como homenaje a los sufridos expedicionarios, recordando que murieron todos los capitanes y García Jofre de Loaísa (o Loaysa) y Juan Sebastián Elcano, que la nao Santa María de la Victoria, entonces capitaneada por el vizcaíno Toribio Alonso de Salazar, el 21 de agosto de 1526 descubrió en su camino a las Molucas la isla que llamaron de San Bartolomé, que es el atolón de Taongi, integrante de las islas Carolinas, que así quedaban descubiertas también, posteriormente evangelizadas y colonizadas por los españoles, que con el paso del tiempo y sus aparejadas circunstancias fueron llamadas islas Marshall.
La carabela San Lesmes, de 96 toneladas, tras ser perdida de vista por el patache Santiago una vez entró la menguada flota en el océano Pacífico o Mar del Sur, ha generado diversas hipótesis. El marino militar, político, ilustrado e historiador Martín Fernández de Navarrete y Ximénez de Tejada, descendiente por línea directa de Rodrigo Díaz de Vivar y los reyes de Navarra, sostiene que la carabela estuvo en una isla del archipiélago de Tuamotu llamada Tepujoé, actual Anaa, por una cruz hallada en esta isla el año 1772 por el capitán de fragata Domingo de Boenechea mientras exploraba al mando de la fragata Magdalena alias El Águila; sin embargo, el propio Boenechea atribuyó la erección de la cruz a la expedición de 1606 capitaneada por Pedro Fernández de Quirós.
El historiador australiano Robert Langdon (The lost caravel, 1975), responsable del departamento de manuscritos de la Universidad Nacional, basándose en una minuciosa serie de observaciones etnológicas, geográficas e históricas, con caracteres raciales y formas lingüísticas que acompañan hallazgos de restos genuinamente europeos y el legado de tradiciones populares autóctonas, afirma que los españoles de la carabela San Lesmes, andaluces, gallegos y vascos, tocaron y dejaron descendencia en varias islas de la Polinesia. Expone en su obra citada, resumiendo nosotros, que la San Lesmes, llegó a la isla de Amanu en el archipiélago de Tuamotu; luego, con la carabela u otra nave local, todos los supervivientes o gran número de ellos se dirigieron a la cercana isla de Hao; unos cuantos marcharon a la isla de Anaa, más a poniente en el mismo archipiélago polinesio, allí estableciéndose; algunos continuaron su periplo en dirección oeste hasta alcanzar la isla de Raiatea en el archipiélago de la Sociedad; otros, en compañía de nautas indígenas, arrumbaron después al sudoeste hasta desembarcar en la isla de Rarotonga, en el grupo insular de Cook; desde donde finalmente descubrieron las grandes islas de Nueva Zelanda. Pero, además del grupo que buscó caminos hacia el oeste, hubo otros que se dispersaron hacia levante tanto desde Anaa como desde Raiatea; desde Anaa fueron algunos hombres a las islas de Tuamotu: Raroia, Takume, Napuka, Fangatau, Tatakoto, Nukutavake y Vahitahi; desde Raiatea otros llegaron a Tahití, la principal isla de la Sociedad, y otros, más audaces, tocaron primero en Raivavae, en el grupo Austral o de Tubuai, para luego seguir explorando ellos o sus descendientes hasta alcanzar la lejana isla de Pascua.
Por su parte, el historiador francés Roger Hervé (Découverte fortuite de l’Australie et de la Nouvelle-Zéllande, 1982), conservador del departamento de cartas y planos de la Biblioteca Nacional de París, ha elaborado una tesis a partir de las primitivas representaciones cartográficas entre 1521 y 1528, que enlaza con la del historiador australiano citada. Expone que el elemento decisivo para el avistamiento europeo de Australia es la derrota seguida por la carabela San Lesmes; Diego Alonso de Solís, sustituto por enfermedad del capitán Francisco de Hoces, ante la imposibilidad de regresar a España por el estrecho de la Madre de Dios o de Magallanes, navegó hacia el sur descubriendo la gran isla de Santa Inés sobre los 53º de latitud austral, alcanzando el estrecho de Drake y las islas Shetland del Sur, más allá de los 62º, aproximándose al continente antártico. A causa de fuertes vientos intermitentes, Solís deriva el rumbo hacia el noroeste con lo que llega a la costa sudoriental de Nueva Zelanda. Continúa Hervé su tesis, también fundada en tradiciones nativas y objetos europeos hallados, informando de los vientos favorables que Solís aprovecha para dirigirse a las Molucas navegando las aguas meridionales de Australia, concretamente por la isla de Tasmania hasta confluir en la tierra continental australiana de Victoria. La tripulación de la San Lesmes, quizá valiéndose de una lancha, recorrió la costa oriental australiana dejando huella de su paso. Y siempre buscando la latitud de la Especiería dieron con el extremo norte de la península australiana de York, pasando una temporada en la desembocadura del río Fitzroy, en la bahía de Rockhampton. Concluye Hervé que es posible que en 1958, en algún lugar del norte australiano, se encontrasen los supervivientes de la San Lesmes con la expedición portuguesa de Gomes de Sequeira.