Institución de la frontera en el Nuevo Mundo, probablemente la más admirable, que supuso un inmenso esfuerzo humanitario, de los mayores registrados por la historia universal, para la mejora individual y social y el desarrollo espiritual de unos pueblos atrasados y no cristianos.
La misión constituía un puesto avanzado de la presencia española que servía a la Iglesia y al Estado a la vez; a la Iglesia para integrar pacíficamente a las tribus indias en el cristianismo, y al Estado para integrarlas pacíficamente en la cultura española.
Apartada la inercia de la conquista militar del Nuevo Mundo por las Ordenanzas de 1573, las posturas de humanistas, consejeros reales, religiosos y profesores universitarios, determinaron un nuevo modelo que reservaba a los misioneros el papel protagonista. Estos misioneros, jesuitas, franciscanos, ambos en el Oeste, y dominicos, se adentraban en los territorios inexplorados del norte del virreinato de Nueva España (el sur y el suroeste de los actuales Estados Unidos de América), y fundaban una misión, un espacioso recinto dotado de iglesia y viviendas para los religiosos y los nativos que a ella se acogieran, rodeado de campos de cultivo feraces y huertos, corrales de ganado y zonas de pasto con horizontes boscosos, desde la que atraían a los nativos bien con reclamos bien por medio de los ya cristianizados.
Los indios que acudían a instalarse en la misión recibían diferentes enseñanzas que pretendían un equilibrio beneficioso para el cuerpo y el alma: religión, agricultura y ganadería, oficios como la herrería, la carpintería y la talabartería, arte y cultura que englobaban la lengua, letras, cuentas y música; a partir de una disciplina horaria y la autoridad del misionero que distribuía los tiempos dedicados al trabajo, el aprendizaje, el descanso y el esparcimiento.
La misión estaba protegida de incursiones y ataques por un presidio cercano. El Estado, además, concedía la denominada ayuda de costa para el servicio de la misión junto a un estipendio, llamado sínodo, para el mantenimiento de los misioneros que eran seleccionados por las órdenes encargadas de las misiones, anteriormente citadas. Antes de incorporarse a su destino, los misioneros eran adiestrados en colegios de México especializados a tal efecto.
El concepto integrador de la misión posibilitó simultáneamente la evangelización de los nativos, su capacitación en técnicas, artes y oficios de la cultura española, el avance de la soberanía española en tierras inexploradas y la contención presente y a futuro de las penetraciones europeas codiciando asentarse en los territorios de soberanía española.
La previsión de la Corona era que las misiones fueran el embrión de poblados y al cabo, alrededor de una década, de pueblos autónomos. Así ocurrió: muchos de los pueblos y ciudades actuales del Suroeste de Estados Unidos tienen su origen en las misiones.